常見的菌肥生產及農業用菌一共有28種，他們的主要作用如下：
1、酵母菌
發酵有機肥，疏松土壤，增加土壤保水性，擴大根系面積，增強光合、減少肥料使用量，提高產量，改善品質。
2、乳酸菌乳酸具有很強的殺菌能力，能有效抑制有害微生物的活動和有機物的急劇腐敗分解。乳酸菌能夠分解在常態下不易分解的木質素和纖維素，并使有機物發酵分解。乳酸菌還能夠抑制連作障礙產生的致病菌增殖。致病菌活躍，有害線蟲會急劇增加，植物就會衰弱，乳酸菌抑制了致病菌，有害線蟲便會逐漸消失。
3、枯草芽孢桿菌增加作物抗逆性、固氮，是最常見的農業有益菌。對土壤致病菌抑制抗生作用。附在病原菌的菌絲或產生抗菌物質通過溶解溶菌作用；產生類似細胞分裂素、植物生長激素的物質，促進植物的生長；誘導植物產生抗性及促進植物生長；枯草芽孢桿菌對土壤微生物的呼吸強度的影響；枯草芽孢桿菌對鹽堿地的改良。
4、光合菌在光照不足環境中能提高作物光合作用，施入土壤后，可迅速激活植物細胞活性，促進根系發育，提高光合作用和生殖生長能力。
5、涇陽鏈霉菌：是細黃鏈霉菌的一種乳糖變種。具有增強土壤肥力、刺激作物生長的能力。
6、放線菌：全球70%殺菌劑由該菌提取，對土壤病害效果顯著，72小時對根結線蟲卵塊孵化抑制率達到82.3%。
7、紅黃鏈霉菌：紅黃鏈霉菌是一種放線菌，是一種多功能菌種。一是可加速有機物的分解，進而釋放作物所必須的各種營養物質。研究發現，其轉化有效氮的效率為5%～13%，有效磷可達到7%～15%，有效鉀的效率高達8%～16%；二是增強光合作用和誘發抗逆基因表達，提高作物對干旱，雨澇，低溫等不良環境的抗病、抗逆能力；三是可以在一定程度上改善土壤的結構，這是由于它可以分泌一種有利于土壤團粒結構形成的膠性物質，使土壤疏松、透氣、保水，進而增強土壤肥力。
8、巨大芽孢桿菌(磷細菌)解磷，具有很好的降解土壤中有機磷的功效。
9、膠凍樣芽孢桿菌解鉀，釋放出可溶磷鉀元素及鈣、硫、鎂、鐵、鋅、鉬、錳等中微量元素。
10、解淀粉芽孢桿菌分泌抗菌物質抑制植物病原細菌、真菌、病毒、線蟲；產生拮抗作用抑制有害病原物的生長或發展或直接殺滅病原物；營養與空間的競爭，迅速地搶占果蔬傷口的營養空間生長存活并大量繁殖；誘導寄主產生抗性，誘導植物自然防御機能；產生赤霉素、吲哚乙酸、細胞分裂素，促進植物生長等。
11、凝結芽孢桿菌可降低環境中的氨氣、硫化氫等有害氣體。提高果實中氨基酸的含量。
12、側孢芽孢桿菌促進植物根系生長，增強根系吸收能力，從而提高作物產量；抑制植物體內外病原菌繁殖，減輕病蟲害，降低農藥殘留；改良疏松土壤，解決土壤板結現象，從而活化土壤，提高肥料利用率；增強植物新陳代謝，促進光合作用和強化葉片保護膜，抵抗病原菌；增強光合作用，提高化肥利用率，降低硝酸鹽含量；固化若干重金屬，降低植物體內重金屬含量。
13、地衣芽孢桿菌抗病、殺滅有害菌，提高作物抗病、抗寒、抗旱能力；增加土壤養分、改良土壤結構、提高化肥利用率；促使土壤中的有機質分解成腐殖質，刺激作物生長。促進作物生長、成熟、降低成本、增加產量、提高收入；有一定的固氮、解磷、解鉀作用。
14、菌根真菌生發出大量菌絲，將水肥輸送到毛細根，從而擴大根系吸水吸肥的區域15、米曲霉使秸稈中的有機質成為植物生長所需的營養，提高土壤有機質，改善土壤結構。
16、木霉菌增加種子的萌發率，促進根部生長，增強植株活力。其中的綠色木霉孢子粉可直接加入腐熟劑、有機肥料、生物菌劑等肥料中，在分解纖維、病理防治中有重要作用。
17、多粘類芽孢桿菌灌根，可防治植物細菌和真菌性土傳病害，并使葉部細菌和真菌病害明顯減少；并具有明顯的促生長、增產作用。
18、蠟質芽孢桿菌：微生物源殺菌劑，主要應用于防治土壤傳播的細菌性病害,如姜瘟病、茄子青枯病、辣椒青枯病等。蠟質芽孢桿菌能通過體內的SOD酶，提高作物對病菌和逆境危害引發體內產生氧的清除能力，調節作物細胞微生境，維護細胞正常的生理代謝和生化反應，提高抗逆性，加速生長，提高產量和品質。
19、蠟樣（狀）芽孢桿菌蠟樣（狀）芽胞桿菌可產生抗菌物質，抑制有害微生物的繁殖，降解土壤中的營養成分，改善生態環境。
20、蘇云金芽孢桿菌殺蟲(包括根結線蟲)，對鱗翅目等節肢動物有特異性的毒殺活性。
21、淡紫擬青霉對多種線蟲都有防治效能，是防治根結線蟲最有前途的生防制劑，22、白僵菌稱之為“地下害蟲專殺”，且可以反復侵染，長期持效，一次用藥，整季無蟲的特點。對蠐螬、金針蟲、地老虎、螻蛄等鞘翅目、鱗翅目、直翅目地下害蟲，有很好的殺滅作用；并可侵染多種磷翅目幼蟲，對松毛蟲防效顯著，對菜青蟲玉米螟小菜蛾、大豆食心蟲、稻苞蟲等防效良好。
23、綠僵菌對直翅目（蝗蟲）、鱗翅目（蛾類害蟲）、雙翅目（蚊蠅類害蟲）和鞘翅目（甲蟲）等7目200多種昆蟲，對地下害蟲蠐螬、地老虎、地蛆效果也較為理想。24、哈茨木霉在植物根圍生長并形成“保護罩”，以防止根部病原真菌的侵染。能分泌酶及抗生素類物質，分解病原真菌的細胞壁。作為一種生防菌可以用來預防由腐霉菌、立枯絲核菌、鐮刀菌、黑根霉、柱孢霉、核盤菌、齊整小核菌等病原菌引起的植物病害。
25、日本金龜子芽孢桿菌橢圓形，金龜子芽孢桿菌在特殊培養基上可以進行營養生長，但在培養基上產生大量有活性的芽孢仍然受到限制。金龜子類的專性寄生菌，可以感染蠐螬使其患上A型乳化病。
26、球形芽孢桿菌滅蚊病原微生物之一，其滅蚊選擇性強，對非靶生物和人畜無毒性，在自然界中易降解不污染環境。對不同蚊幼蟲的毒殺作用主要是由其產生的毒素蛋白實現的：一類是晶體毒素蛋白；另一類是Mtx毒素蛋白。緩病芽抱桿(Bacilluslentimorbus)，使蠐螬產生B型乳狀病。對蒙古麗金龜、銅綠麗金龜等為害花生的蟲種有較強的致病力。
